The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses - Aix-Marseille Université
Article Dans Une Revue Nature Genetics Année : 2018

The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses

Olivier Raymond (1) , Jerome Gouzy (2) , Jérémy Just (1) , Hélène Badouin (2, 3) , Marion Verdenaud (1) , Arnaud Lemainque (4) , Philippe Vergne (1) , Sandrine Moja (5) , Nathalie Choisne (6) , Caroline C. Pont (7) , Sébastien Carrere (2) , Jean Claude Caissard (5) , Arnaud Couloux (8) , Ludovic Cottret (9) , Jean-Marc Aury (8) , Judit Szécsi (1) , David D. Latrasse , Mohammed Madoui (8) , Léa Francois (1) , Xiaopeng Fu (10) , Shu-Hua Yang , Annick Dubois (1) , Florence Piola (11, 12) , Antoine Larrieu (1) , Magali Perez , Karine Labadie (13) , Lauriane Perrier (1) , Benjamin Govetto (14) , Yoan Labrousse (14) , Priscilla Villand (1) , Claudia Bardoux (1) , Véronique Boltz (1) , Celine Lopez-Roques , Pascal Heitzler (15) , Teva Vernoux (1) , Michiel Vandenbussche (1) , Hadi Quesneville (6) , Adnane Boualem , Abdelhafid Bendahmane , Chang Liu (16) , Manuel Le Bris (14) , Jérôme Salse (7) , Sylvie Baudino (5) , Moussa Benhamed , Patrick Wincker (17) , Mohammed Bendahmane (1)
1 RDP - Reproduction et développement des plantes
2 LIPM - Laboratoire des interactions plantes micro-organismes
3 Sexe et évolution [LBBE]
4 CNG - Centre National de Génotypage
5 BVPAM - Laboratoire de Biotechnologies Végétales appliquées aux Plantes Aromatiques et Médicinales
6 URGI - Unité de Recherche Génomique Info
7 GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
8 LBGB - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
9 INRA - Institut National de la Recherche Agronomique
10 Key Laboratory of Horticultural Plant Biology
11 EVZH - Équipe 2 - Écologie Végétale et Zones Humides
12 LEHNA - Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
13 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
14 IMBE - Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale
15 IBMP - Institut de Biologie Moléculaire des Plantes
16 ZMBP - Zentrum für Molekularbiologie der Pflanzen
17 UMR 8030 - Génomique métabolique
Olivier Raymond
  • Fonction : Auteur
Reproduction et développement des plantes
Jerome Gouzy
Laboratoire des interactions plantes micro-organismes
Jérémy Just
Reproduction et développement des plantes
Hélène Badouin
Laboratoire des interactions plantes micro-organismes
Sexe et évolution [LBBE]
Marion Verdenaud
Reproduction et développement des plantes
Arnaud Lemainque
  • Fonction : Auteur
Centre National de Génotypage
Philippe Vergne
Reproduction et développement des plantes
CV
Sandrine Moja
Laboratoire de Biotechnologies Végétales appliquées aux Plantes Aromatiques et Médicinales
Nathalie Choisne
Unité de Recherche Génomique Info
Caroline C. Pont
Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
CV
Sébastien Carrere
Laboratoire des interactions plantes micro-organismes
CV
Jean Claude Caissard
Laboratoire de Biotechnologies Végétales appliquées aux Plantes Aromatiques et Médicinales
CV
Arnaud Couloux
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 908635
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Ludovic Cottret
Institut National de la Recherche Agronomique
Jean-Marc Aury
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
CV
Judit Szécsi
Reproduction et développement des plantes
David D. Latrasse
Mohammed Madoui
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Léa Francois
  • Fonction : Auteur
Reproduction et développement des plantes
Xiaopeng Fu
  • Fonction : Auteur
Key Laboratory of Horticultural Plant Biology
Shu-Hua Yang
  • Fonction : Auteur
Annick Dubois
Reproduction et développement des plantes
CV
Florence Piola
Équipe 2 - Écologie Végétale et Zones Humides
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés
Antoine Larrieu
  • Fonction : Auteur
Reproduction et développement des plantes
Magali Perez
  • Fonction : Auteur
Karine Labadie
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Lauriane Perrier
  • Fonction : Auteur
Reproduction et développement des plantes
Benjamin Govetto
  • Fonction : Auteur
Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale
Yoan Labrousse
Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale
Priscilla Villand
  • Fonction : Auteur
Reproduction et développement des plantes
Claudia Bardoux
  • Fonction : Auteur
Reproduction et développement des plantes
Véronique Boltz
  • Fonction : Auteur
Reproduction et développement des plantes
Celine Lopez-Roques
Pascal Heitzler
  • Fonction : Auteur
Institut de Biologie Moléculaire des Plantes
Teva Vernoux
Reproduction et développement des plantes
Michiel Vandenbussche
Reproduction et développement des plantes
CV
Hadi Quesneville
Unité de Recherche Génomique Info
CV
Adnane Boualem
CV
Abdelhafid Bendahmane
Chang Liu
Zentrum für Molekularbiologie der Pflanzen
Manuel Le Bris
Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale
Jérôme Salse
Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
Sylvie Baudino
Laboratoire de Biotechnologies Végétales appliquées aux Plantes Aromatiques et Médicinales
CV
Moussa Benhamed
Patrick Wincker
Génomique métabolique
CV
Mohammed Bendahmane
Reproduction et développement des plantes

Résumé

Roses have high cultural and economic importance as ornamental plants and in the perfume industry. We report the rose whole-genome sequencing and assembly and resequencing of major genotypes that contributed to rose domestication. We generated a homozygous genotype from a heterozygous diploid modern rose progenitor, Rosa chinensis ‘Old Blush’. Using single-molecule real-time sequencing and a meta-assembly approach, we obtained one of the most comprehensive plant genomes to date. Diversity analyses highlighted the mosaic origin of ‘La France’, one of the first hybrids combining the growth vigor of European species and the recurrent blooming of Chinese species. Genomic segments of Chinese ancestry identified new candidate genes for recurrent blooming. Reconstructing regulatory and secondary metabolism pathways allowed us to propose a model of interconnected regulation of scent and flower color. This genome provides a foundation for understanding the mechanisms governing rose traits and should accelerate improvement in roses, Rosaceae and ornamentals.

Domaines

Génétique des plantes Sciences de l'environnement
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Citer

Olivier Raymond, Jerome Gouzy, Jérémy Just, Hélène Badouin, Marion Verdenaud, et al.. The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses. Nature Genetics, 2018, 50 (6), pp.772-777. ⟨10.1038/s41588-018-0110-3⟩. ⟨hal-01798003⟩

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